Диалектический субстанциализм в методологическом плане может быть использован двояко. 1. Для создания конкретной видовой диалектической логики. 2. Как ориентир в естественнонаучных построениях, например, в построении схем иерархии уровней материи. В первом случае мы получим чёткое представление об объективной реальности. Во втором - ориентировочное, из всех возможных эмпирических вариантов наиболее близкое к действительности (отразить несущественное в субстанции тоже не так просто). Древние греки пользовались категорией «правдоподобие» (неклассической формальной логике тоже понравилась это слово). В сущности это попытка понять, что в действительности скрывается за эмпирическими данными, попытка не совсем радикальная, ибо от эмпирических данных при этом не отказываются. Правдоподобие касается только эмпирической реальности, которую в силу пороков классического эмпиризма тоже весьма непросто отразить таковой, какова она есть в действительности. Поэтому правдоподобие есть то, что ближе к истине, хотя никогда ею не будет, так как находится в сфере эмпирии. Так, среди необозримого количества вариантов схем последовательностей уровней материи оно позволит выявить наиболее правдоподобный и тем самым даст возможность определить границы конкретных систем природы (то есть несущественных компонентов субстанций). Это не так уж мало, если показать, что границы эмпирических объектов современного естествознания фактически не выявлены, а в силу его редукционистских установок вообще не востребованы.

Субстанциализм с его диалектикой (диалектический субстанциализм) в ХХ веке никогда не был ориентиром ни в построении концепции уровней, ни в новой антисубстанциальной онтологии. Эта последняя насквозь пропитанная эмпирическими принципами вместо плюрализма субстанций постулировала отношение и взаимосвязь всеобщей онтологии и частных онтологий. Всеобщая онтология есть познание всеобщих сущностей в их эмпирической взаимосвязи с частными сущностями, а частные - познание их эмпирической связи со всеобщей сущностью (онтологией) [230, с. 53]. Чисто механическая трактовка отношения частей и целого, отношения, которое даже в эмпирии не существует.

Наверное ни в одной другой проблеме не проявилась такая путаница как в проблеме иерархии уровней. При всей претензии этой концепции на объективность, на самом деле речь можно вести лишь об эмпирическом то есть во многом непоследовательном подходе. Основная причина в том, что концепция уровней имеет дело главным образом с вещественно-телесными образованиями (то есть с явлениями невсеобщего порядка), ориентируясь на которые и выстраивает свои схемы (модели) иерархии. Проблема привлекла внимание в 20-е годы ХХ столетия в связи с работами так называемых организмистов Г. Льюиса, С. Александера, Р. Лилли, С. Рейсера, Ф.А. Уэлса, концепцией уровней Г.Ч. Брауна, Р.В. Селларса и др. [121]. Во второй половине ХХ века интерес к проблеме проявился и в отечественных исследованиях, а к концу 80-х практически угас, так и не приведя ни к какому положительному результату (не было сформулировано сколь ни будь общепризнанной концепции, не получено общезначимого результата - полнейший волюнтаризм и субъективизм в подходах).

В связи с тем, что в отечественных исследованиях параллельно обсуждалась и теория форм движения материи, эти исследования были более плодотворны, нежели западные. Однако во всех случаях отсутствовала ориентация на диалектику и диалектически понимаемую субстанцию. К объективным критериям, за редким исключением, не апеллировали, зато субъективных критериев и оценок было с избытком. В итоге, возникла масса сомнительного свойства критериев выделения границ уровней или форм материи и практически полная запутанность в проблеме разграничения основных и неосновных ступеней природы. Публиковались самые причудливые варианты схем иерархии: параллельные линейные, разветвлённые, полицентрические и т.п. [205]. Возобладал ужасающий субъективизм. Каждый автор предлагал ту схему иерархии, которая первой приходила в голову. Практически всё свелось к надуманным субъективным классификациям крайне далёким от реальной действительности. Когда же в 80-х годах внимание вдруг сосредоточилось на проблеме элементарности в иерархии уровней, очевидной стала тупиковость субъективного подхода. Разработка проблемы привела к конструированию схем так называемой рефлексивной иерархии, игнорировать которые было уже бессмысленно [205, с. 14 - 15], но в итоге общенаучное представление о целом и его частях (системе и её элементах) потеряло всякий смысл. Субстанциализм, на который можно было ориентироваться, так и остался невостребованным потому, что эмпиризм (марксистской и немарксистской философии) был с ним не в ладах. К концу ХХ века бум публикаций, связанных с обсуждением концепции иерархии резко пошёл на спад. Как любое модное увлечение в современной философии оно потонуло в мутном потоке скороспелых публикаций, опирающихся на самые примитивные исходные установки.